La plus au nord, l’île de Saint-Martin, est divisée en deux parties. Sa partie sud, appelée Sint Maarten, est néerlandaise, tandis que sa partie nord, Saint-Martin, est française. Saint-Martin est une collectivité d’outre-mer depuis le 15 juillet 2007. Avant cette date, elle faisait partie du département de la Guadeloupe. Elle fait partie de l’Union européenne au titre de son statut de région ultrapériphérique. L’île possède une réserve naturelle créée en 1998 sous la forme d’une aire marine protégée de 30km2 située au nord-est de l’île. 
La ZEE de Saint-Martin représente 1 000 km². 

Sur place, le Sanctuaire travaille en collaboration avec l’équipe de la Réserve naturelle de Saint-Martin ainsi qu’avec la Réserve naturelle néerlandaise.

L’île de Saint-Barthélemy est également une collectivité d’outre-mer depuis le 15 juillet 2007 mais ne fait pas partie de l’Union européenne car elle est un pays et territoire d’outre-mer (PTOM). Elle faisait auparavant partie du département de la Guadeloupe comme l’île de Saint-Martin. Le milieu naturel est un atout pour le développement de l’île et une réserve naturelle nationale a été créée en 1996. 
La ZEE de Saint-Barthélemy représente 4 000 km2.

Sur place, le Sanctuaire travaille en collaboration avec L’Agence territoriale de l’environnement de Saint-Barthélemy qui intervient sur le terrain pour préserver la faune et la flore sauvage.

La Guadeloupe est un archipel constitué de 7 îles dont les deux plus grandes sont Grande-Terre et Basse-Terre, suivies par l’île de Marie-Galante, l’archipel des Saintes et la Désirade. C’est un département et une région d’outre-mer dont la ZEE s’étend sur 86 000 km2. 

Sur place, le Sanctuaire travaille avec les services de l’Etat et le Parc national de la Guadeloupe (PNG). Le PNG est lui aussi reconnu comme une aire protégée au titre du protocole SPAW. Son aire marine adjacente couvre 1350 km² au Nord-Ouest de la Basse-Terre principalement.

La plus au sud, la Martinique, est un département et une région insulaire française administrée dans le cadre d’une collectivité territoriale unique. Elle est dotée depuis 2017 d’un Parc naturel marin géré par l’Office français de la biodiversité (OFB). Sa ZEE s’étend sur 47 000 km².

Les agents du Sanctuaire Agoa et du Parc naturel marin travaillent au quotidien ensemble à la préservation de la biodiversité marine martiniquaise, mais aussi avec les services de l’Etat et les autres services de l’OFB présents sur place.