Avec une superficie de 143 256 km², le Sanctuaire Agoa est une des plus vastes aires marines protégées françaises. Le Sanctuaire couvre toute la zone économique exclusive des Antilles françaises, soit les eaux de la Martinique, de la Guadeloupe, de Saint-Martin et de Saint-Barthélemy.

Le Sanctuaire Agoa abrite une grande diversité de mammifères marins. Ainsi, plus de 20 espèces y ont déjà été observées soit près d'un tiers des espèces mondiales. 

La ZEE de Saint-Martin représente 1 000 km². L'île possède une réserve naturelle créée en 1998 sous la forme d’une aire marine protégée de 30 km² située au nord-est de l’île. Sur place, le Sanctuaire travaille en collaboration avec l’équipe de la Réserve naturelle de Saint-Martin ainsi qu’avec la Réserve naturelle néerlandaise.

Le milieu naturel est un atout pour le développement de l’île de Saint-Barthélemy et une réserve naturelle nationale a été créée en 1996. La ZEE de Saint-Barthélemy représente 4 000 km². Le Sanctuaire y travaille en collaboration avec l’Agence territoriale de l’environnement de Saint-Barthélemy qui intervient sur le terrain pour préserver la faune et la flore sauvage.

La Guadeloupe est un département et une région d’outre-mer dont la ZEE s’étend sur 86 000 km². Sur place, le Sanctuaire travaille avec les services de l’Etat et le Parc national de la Guadeloupe (PNG). Le PNG est lui aussi reconnu comme une aire protégée au titre du protocole SPAW. Son aire marine adjacente couvre 1 350 km² au Nord-Ouest de la Basse-Terre principalement.

La Martinique est dotée depuis 2017 d’un Parc naturel marin géré par l’Office français de la biodiversité (OFB). Sa ZEE s’étend sur 47 000 km². Les agents du Sanctuaire Agoa et du Parc naturel marin travaillent au quotidien ensemble à la préservation de la biodiversité marine martiniquaise, mais aussi avec les services de l’Etat et les autres services de l’OFB présents sur place.