L’économie humaine repose sur les échanges entre les pays et donc sur le trafic maritime. Les océans sont ainsi parcourus sans cesse par près de 100 000 navires de commerce.

Les causes de ces accidents sont peu connues mais il semblerait que les jeunes adultes, moins expérimentés, soient plus souvent victimes des collisions. Par ailleurs, le bruit émis par les navires se propage vers l’arrière, rendant leur détection moins évidente. Une étude utilisant des balises posées sur des baleines bleues en Californie a effectivement montré que les individus réagissaient au dernier moment à l’approche d’un navire. 

Plusieurs actions sont envisageables pour réduire le risque de collision mais aucune n'est totalement satisfaisante. Le déplacement des voies de navigation en-dehors des zones les plus fréquentées par les baleines semble être la meilleure option.

La réduction de la vitesse des navires est également efficace car c'est un facteur clé : un navire allant plus vite laisse moins de temps à l'animal pour l'éviter. De plus, si la collision n'est pas évitée, une vitesse élevée amoindrira les chances de survie.

Le trafic maritime est une activité vitale pour l’économie insulaire des Antilles. Un trafic important existe entre les différentes îles, le risque est donc réel au sein du Sanctuaire Agoa.

La loi du 8 août 2016 contraint tous les navires de plus de 24 mètres battant pavillon français et navigant plus de 10 fois par an dans les Sanctuaires Agoa et Pelagos à s’équiper d’un dispositif de partage des positions de baleines dans le but d’éviter les collisions. Le logiciel REPCET, pour REPérage des CETacés, a été développé dans ce but en Méditerranée française et pourrait être utilisé dans la Caraïbe.