L’un des objectifs de l'équipe du Sanctuaire Agoa est d'améliorer les connaissances sur les mammifères marins qui fréquentent les eaux des Antilles. Les campagnes de collecte de données en mer permettent de rassembler des informations essentielles sur la distribution et l'abondance des animaux, mais aussi de comprendre les menaces humaines auxquelles font face les cétacés de notre région. A terme, les données récoltées permettront de dégager des indicateurs de l'état écologique du milieu.

Plusieurs campagnes d'observation ont été réalisées au sein du Sanctuaire entre 2012 et 2014. A l'inverse des campagnes d'observation par avion, comme REMMOA, qui permettent de couvrir rapidement de grandes distances, la logistique des missions en bateau restreint généralement la zone d'étude à plusieurs dizaines de milles autour des îles. Elles ont cependant permis de confirmer le grand nombre d'espèces présentes, mais aussi de mettre en évidence une richesse spécifique selon les îles, et des zones de présence plus marquée pour certaines espèces.

A partir de 2021, de nouvelles campagnes d'observation en bateau sont réalisées dans le cadre du projet de collaboration internationale CARI'MAM, permettant d'étendre la zone d'étude hors de la zone économique exclusive française et d'accueillir les spécialistes locaux à bord. Le Sanctuaire à l'ambition de répéter ces campagnes à intervalle régulier afin d'affiner les connaissances relatives à la distribution et l'abondance des animaux, mais aussi d'observer l'évolution des populations de cétacés au fil du temps. Les résultats obtenus serviront à identifier les populations les plus vulnérables et les zones-clés, puis à mettre en place le suivi opérationnel des espèces sur le long terme. In fine, cela permettra au Sanctuaire Agoa de prendre les mesures de gestion conservatoire les plus adaptées.

Cette méthodologie est très utilisée en écologie. Elle consiste à suivre un itinéraire prédéfini composé de plusieurs lignes droites (les transects) à vitesse constante et avec un effort d'observation constant. Les observations visuelles et acoustiques faites le long de cet itinéraire sont répertoriées sur des fiches de relevés ou sur l'application OBSenMER. Les cétacés croisés y sont listés ainsi que les oiseaux, les poissons ou encore les tortues. Certains indicateurs environnementaux sont aussi relevés, comme les macro-déchets ou les types d'embarcations croisées.

En maintenant un effort d'observation constant croisé à des écoutes sous-marines régulières et à la pratique de la photo-identification, la méthode des transects de ligne permet de distinguer les espèces et d'évaluer leur abondance, d'estimer leur distribution et d'identifier leurs habitats préférentiels, mais aussi d'évaluer l'impact de certaines activités humaines sur les populations.